値段が違うものの場合は、お金をお返しするかお支払いいただきますが。 とはどういう意味ですか?

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You need to pay the difference if there are any, or you can take back your money without any shoes.

もの in 値段が違うもの indicates another pair of shoes in this context.

いただきますが。
A shortened question. You can take it as a shortened いただきますが、いかがいたしますか。