このキャラクターはどこか憎めない性格「に」人気が集まる と このキャラクターはどこか憎めない性格「で」人気が集まる はどう違いますか？説明が難しい場合は、例文を教えて下さい。

「このキャラクターはどこか憎めない性格に人気が集まる」のは不自然な文で「このキャラクターのどこか憎めない性格に人気が集まる」という文が自然です。
この場合、意味は同じになります。

どこを1番伝えたいかによってどちらの文を使うかが分かれます。
キャラクターが人気ということを1番伝えたい場合に1つ目の文を使い、人気の理由を1番伝えたい場合に2つ目の文を使います。