今日はドイツの連邦議会選挙ですが、どの政党が当選するでしょう

これは自然な言い方ですか

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The first half sounds just fine.

どの政党が当選するでしょう

Did you mean "come to power” or "win a majority of the votes"? I'm asking this question because, in Japanese,

the subject of the verb 当選する should be a person, not the whole party. For example:

元プロレスラー(ex-professional wrestler) のAntonio Inokiが参議院の選挙に当選した。

この地域では労働党labor partyの議員がたくさん当選した。（not 「労働党が当選した」）

I assume that you were meaning to write a question. If so, you need to add か at the end of the sentence.

どの政党が勝つでしょうか
どの政党が勝利を収めるでしょうか
どの政党が多数派を占めるでしょうか

Hope this helps.