Which of the three would mostly be used in day to day conversation? Are there any differences between the three?

コーヒーを入れてくれませんか？
コーヒーを入れていただけませんか？
コーヒーを入れてもらえませんか？

質問を翻訳

In this case, 「いれて」should be written as 「淹れて」if you use kanji.

When you ask it to your close friend or family who would make coffee for you, the three sentences sound a little too formal.

To your close friend,
「コーヒーいれてよ。」"Can you make coffee to me?"
「なんでオレがお前に？」"Why me, for you?"
「たのむよ。」"Please!"
「しょーがねーなー。」"OK, if you say so."

To your mother,
「ねぇ、母さん。コーヒーいれてよ。」"Mom, please make coffee to me."
「いいよ。」"OK."

When you ask it to a person politely, it should be adequately polite as
「すみませんが、コーヒーをいれてくれると、ありがたいのですが。」
「すみませんが、コーヒーをいれていただけると、ありがたいのですが。」
「もしお時間がありましたら、私のためにコーヒーをいれていただけないでしょうか。」
「よろしければ、私にコーヒーをいれていただけないでしょうか。」

In a cafe etc.,
「すみません。コーヒーをいれていただけませんか？」
「すみません。コーヒーお願いします。」
would be fine.
I don't use 「くれませんか」「もらえませんか」 which sound a little bit accusing.