1。論文のための資料は、もう集めましたか。
はい、もう全部集めてしまいました。
2。会議の資料はもうコピーしましたか。
はい、今朝もうコピーしてしまいました。
3。夏休みの宿題はやりましたか。
はい、ゆうべやってしまいました。
4。試験の漢字はも覚えましたか。
はい、もう全部覚えてしまいました。
5。よごれたお皿はまだありますか。
いいえ、もう洗ってしまいました。
6。ごみはまだありますか。
いいえ、もうすててしまいました。
この表現は自然ですか？

it's natural. but there's a difference between しました and してしまいました.

しました indicates that you have finished something.
してしまいました indicates that you have finished something that other people want you not to have finished yet or want you not to have finished for a reason.